Enterococcen RT-PCR

 

Enterococcen RT-PCR: Een mijlpaal in microbiologische drinkwatercontrole

Een snelle en accurate controle van drinkwater op de aanwezigheid van fecale indicatororganismen helpt drinkwaterbedrijven een goede volksgezondheid te bewaken. Deze controle wordt uitgevoerd door middel van E. coli en enterococcen-analyse. 

In 2018 heeft de Inspectie voor Leefomgeving en Transport de snelle RT-PCR-methode voor detectie van de afwezigheid van E.coli geaccepteerd. Naast RT-PCR voor de detectie van E. coli, wensen de drinkwaterbedrijven ook een snelle en wettelijk geaccepteerde methode voor de detectie van enterococcen in drinkwater. Dit als snel alternatief (RT-PCR kan binnen vier uur) voor de huidige methode die zeker 48 uur kost. 

De wettelijke erkenning van deze in de wereld unieke RT-PCR-methode zou een mijlpaal in de bewaking van de microbiologische kwaliteit van drinkwater betekenen.

Omdat het ontwikkelen van een werkbare RT-PCR-methode specifiek voor alle enterococcen-soorten (zonder detectie van andere nauw verwante genera) niet kon worden gerealiseerd, heeft Het Waterlaboratorium met haar expertise een inventarisatie opgesteld waaruit tien soorten geselecteerd zijn:

  • Vier soorten zijn geselecteerd op basis van de huidige WHO-richtlijn, die enterococcen-soorten beschrijft waarvan de relatie met fecale bronnen duidelijk is: E. faecalis, E. faecium, E. durans en E. hirae.
  • En nog eens zes soorten op basis van fecesonderzoek (https://doi.org/10.2166/wh.2016.209), literatuur- en MALDI-TOF onderzoek van drinkwater in Nederland en België, die ook in verband worden gebracht met fecale origine: E. casseliflavus, E. mundtii, E. gallinarum, E. moraviensis, E. haemoperoxidus en E. avium.

Met deze toepassing van RT-PCR bij calamiteiten zetten we een belangrijke eerste stap in de implementatie van snelle moleculaire technieken. Een volgende stap zullen we zetten als het onderzoek met het schaduwdraaien met de RT-PCR naast de kweekmethoden op locaties afpompstation en in het distributienet afgerond en besproken is. Verwachting is in 2021 deze vervolg stap te realiseren. 

 
 
 

RT-PCR methode

Uit een inventarisatie naar de aanwezigheid van enterococcen-soorten in Nederlands en Vlaams drinkwater, bleek dat minimaal 97,8% van de drinkwatermonsters waarin met kweek enterococcen werden aangetroffen, ook met gebruik van de te ontwikkelen RT-PCR-methode gericht op tien enterococcen-soorten positief zouden zijn. Vanwege de genetische verwantschap tussen enterococcen-soorten is het zeer aannemelijk dat de RT-PCR-methode meer dan tien enterococcen-soorten zal detecteren. Daarnaast wordt verwacht dat met de RT-PCR-methode vaker E. durans en E. avium zullen worden aangetroffen. Dit zijn soorten die met de huidige kweekmethode mogelijk worden gemist, maar duidelijk geassocieerd zijn met fecale bronnen. Dit betekent een verbetering van de detectie van enterococcen ten opzichte van huidige methoden.

HWL heeft voor de ontwikkeling van de enterococcen RT-PCR de nodige primersets ontworpen waaraan bij KWR een Taqman-probe is toegevoegd. Hoewel het validatietraject nog loopt, blijkt uit de eerste resultaten dat de ontwikkelde methode naar verwachting voldoende specifiek en gevoelig is voor het detecteren van de geselecteerde enterococcen-soorten en dat detectie van andere bacteriegenera niet te verwachten is. 

Specialisten: Maja Taučer-Kapteijn en Eline Stroobach

Bekijk ons volgende project

 

RoutinEDA